Laboratorij za otpadne vode sastavni je dio Službe za ekologiju. Ispitivanja se provode prema Vodopravnoj dozvoli ili prema Pravilniku o graničnim vrijednostima pokazatelja opasnih i drugih tvari u otpadnim vodama. Ispitivanje otpadnih voda obvezno je za sve subjekte kojima Hrvatske vode izdaju vodopravnu dozvolu u kojoj su navedeni parametri koji se trebaju ispitivati i učestalost uzorkovanja.
Voditeljica Laboratorija za otpadne vode Ana Lokas, dipl.ing.